Die SLS beteiligt sich an der Umsetzung der Schutzziele für NATURA 2000 Gebiete auf verschiedenen Ebenen.
Der sächsische Teil des europäischen Schutzgebietsnetzwerk NATURA 2000 besteht aus 270 nach der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (FFH-Richtlinie) geschützten Gebieten (Site of Community Im-portance - SCI) und 77 nach der EU-Vogelschutzrichtlinie geschützten Gebieten (Special Protection Area – SPA).